15 rekatolizační politice králů Zikmunda Lucemburského, Albrechta Habsburského i Ladislava Pohrobka. Léta 1437-1448 dokonce prožil v dobrovolném vyhnanství v Hradci Králové. Přesto se nevzdával myšlenky na možnou dohodu s konzervativními utrakvisty, zatímco vůči táborům si stále udržoval důrazný odstup. S podporou zejména východočeské utrakvistické šlechty vedené Hynkem Ptáčkem z Pirkštejna a později Jiřím z Poděbrad dosáhl rozhodující porážky táborských kněží při velké disputaci v Kutné Hoře v roce 1443 a na následujícím zemském sněmu 1444 i konečné likvidace jejich církve po dobytí Tábora v roce 1452. Vstřícnější postoj však zaujal k méně militantním radikálním skupinám, konkrétně k Petru Chelčickému a později k Jednotě bratrské, která zčásti vznikala právě pod jeho vlivem. Někteří z jeho žáků dokonce zaujali čelné postavení v této nové církvi. Také se často předpokládá, že bratr Řehoř, její hlavní organizátor, byl vlastně synovcem Rokycanovým.28). Zvláště prvá léta existence jednoty byla poznamenána hlubokou úctou bratří ke stařičkému arcibiskupovi29), jemuž ovšem vytýkali nedůslednost v konfrontaci s Římem. Jejich slavné rozhodnutí z roku 1467 ustavit si vlastní kněžstvo, které by bylo na Římu zcela nezávislé, bylo patrně inspirováno myšlenkou využít nově propuklého válečného konfliktu českého husitství s papežstvím k tomu, aby svým příkladem strhli i dosud váhající Rokycanův utrakvismus na daleko radikálnější dráhy. Přibližně od počátku čtyřicátých let se Rokycana věnoval zvýšenou měrou organizační výstavbě utrakvistické církve. Vnitřní situaci tohoto společenství ovšem stále dramatičtěji komplikovala otázka svěcení kněží, kdy utrakvisté stále neměli svého biskupa s právem světit kněze a Rokycana marně čekal na své potvrzení od papežského stolce. V roce 1452 vyústila s Janovým souhlasem ve značně překvapivý pokus o navázání užších kontaktů s řeckou